一九四三年、 葡萄牙人以科技之利 (鐵砲、彈藥及其製法 ) 叩了日本的大門後不久，基督教便於一九四九年由耶穌會傳教士方濟．塞比耶爾 (FrancisXavier, 1506-1552) 傳入日本。

　　日本的統治階級因為種種的利益考量，皆樂於迎接傳教士進入自己的領地，甚至不惜改奉天主教，希望以耶穌對抗釋迦，削弱僧侶的勢力，故他對天主教雖無好感，但不曾壓制。

　　最早的迫害是發生於豐臣秀吉一統時期，一五八七年開始禁止傳教士傳教，驅逐外國傳教士出境，並沒收長崎地方的領地，一五九六年甚至有信徒殉教。

　　到了江戶時代，德川幕府對基督教之政策大為改變，德川家康時將貿易與傳教明確劃分，他考慮到政治、商業上基督教均有可利用之處，故在世時未對基督教加以嚴厲彈壓，家康死後，禁教與迫害教徒加劇，一六一四年至三五年間，因信仰基督教而被處火刑、斬刑的日本信徒達二十八萬人，一六三七年，幕府更徹底禁教，連貿易之利也不能軟化其心，終於實施鎖國，不只外國人，連旅居外國的日本人也不准歸國，日人、日船皆不得外航，日本至此已完全與外界隔絕了。

　　「沉默」與「武士」便是以這段日本史上基督教與日本碰撞最慘烈的時期為背景，衝突最甚，故最能突顯問題。

　　譬如「沉默」一書中的羅洛里哥、賈貝抵日時，正值此黑暗時期，日本統治者為了斷天主教的根，對外國司祭嚴加防範，被逮捕者必須踐踏耶穌或瑪利亞的像宣誓棄教，否則即處死刑。

　　而武士一書也描述在西班牙的宗教法庭上，貝拉斯幾乎快爭取到主教會議承認日本使者，以及保証他們應得的待遇的關頭，卻戲劇性地傳進一封來自澳門的緊急信，信中即說到日本新的情勢變化：就是斷絕貿易與全面禁教，這意味著放棄與墨西哥的通商，武士們離鄉背井四年，回國後卻發現人事全非，被託付的任務和旅程…一切都變成虛幻、無意義。

　　「武士」中有一些背景的記載：

　　「在武士們離開羅馬時，日本發生了最後的大戰。德川家消滅了豐臣家。」

　　「傳教士和日本修士被聚集到長崎旁邊的福田，將近八個月在像家畜棚子的稻草屋頂的屋子過日子。長崎出現未有過的混亂：分裂成棄教者與隱匿者…被軟禁的傳教士和日本修士八十五人被塞在五艘帆船，離開日本往澳門而去。翌日，三十位神父和修士、信徒搭老舊的船到馬尼拉。都是永久驅逐。」

　　在這種情形下，召出眾一行人一回到日本便被監禁，且面臨一連串的審問。

　　日本與外來文化的激烈衝突可說在那個時代彰顯無遺。